La microbiota oral juega un papel importante en el microbioma humano y la salud humana, y los desequilibrios entre los microbios y sus huéspedes pueden conducir a enfermedades orales y sistémicas e inflamación crónica, que generalmente es causada por bacterias y contribuye al cáncer. Puede haber una relación entre las bacterias orales y el carcinoma de células escamosas oral (OSCC); sin embargo, esta relación no se ha caracterizado completamente. Por lo tanto, en este estudio, comparamos las composiciones de la microbiota entre los sitios tumorales y los tejidos normales opuestos en la mucosa bucal de 50 pacientes con OSCC utilizando la secuenciación de ADNr 16S. La riqueza y la diversidad de bacterias fueron significativamente mayores en los sitios tumorales que en los tejidos de control. Los tejidos cancerosos se enriquecieron en seis familias (Prevotellaceae, Fusobacteriaceae, Flavobacteriaceae, Lachnospiraceae, Peptostreptococcaceae y Campylobacteraceae) y 13 géneros, incluidos Fusobacterium, Alloprevotella y Porphyromonas. A nivel de especie, la abundancia de Fusobacterium nucleatum, Prevotella intermedia, Aggregatibacter segnis, Capnocytophaga leadbetteri, Peptostreptococcus stomatis y otras cinco especies aumentó significativamente, lo que sugiere una posible asociación entre estas bacterias y OSCC. Además, la predicción funcional reveló que los genes involucrados en la quimiotaxis bacteriana, el ensamblaje flagelar y la biosíntesis de lipopolisacáridos (LPS) que están asociados con varios procesos patológicos, aumentaron significativamente en el grupo OSCC. En general, los perfiles bacterianos orales mostraron una diferencia significativa entre los sitios de cáncer y el tejido normal de los pacientes con OSCC, que podrían ser marcadores de diagnóstico y objetivos de tratamiento. Nuestro estudio se ha registrado en el registro de ensayos clínicos chinos (ChiCTR1900025253, http://www.chictr.org.cn/index.aspx).